Казармы на Выборгской стороне Санкт-Петербурга были построены для лейб-гвардии Литовского полка в 1836 г. 7 ноября 1836 г. состоялось освящение во имя Святого Архангела Михаила (Архистратига Михаила) новой казарменной церкви лейб-гвардии Литовского полка, которая располагалась в пристройке экзерциргауза (сегодня это зал спортивных игр Военного института физической культуры) с восточной стороны.
На следующий день, 8 ноября, в честь полкового праздника и именин великого князя Михаила Павловича на территории казарм в присутствии императора Николая I проводился церковный парад. Осматривая новую церковь и заметив бедность утвари, взятой из находившейся при полку походной церкви, император Николай I приказал заготовить церковную утварь из средств, оставшихся от постройки казарм.
В течение трех лет командир полка генерал-майор Девитте П.Я. подавал рапорты по команде о снабжении церкви утварью на основании Высочайшего повеления. Великий князь Михаил Павлович писал об этом более десяти раз петербургскому генерал-губернатору графу Эссену, бывшему председателю комиссии по обустройству казарм. Однако три года полковая церковь оставалась без утвари. Сосуды, ризы и т.п. для каждого богослужения брались из Сергиевского всей артиллерии собора. Только в конце 1839 г. граф Эссен предписал Санкт-Петербургской думе заготовить утварь для церкви лейб-гвардии Литовского полка.

Известно, что в полковой церкви хранились предыдущие знамена, мундир императора Александра I и мундир императора Николая I. В 1856 г. лейб-гвардии Литовский полк освободил казармы на Выборгской стороне, и 28 сентября их занял родственный ему лейб-гвардии Московский полк. В 1856 г. на Выборгскую сторону с Фонтанки была перевезена и Московская полковая церковь. В начале её разместили так же, как и при лейбгвардии Литовском полку, в пристройке экзерциргауза. Летом и осенью 1862 г. хозяйственная часть полка обустроила постоянную церковь в верхнем этаже первого малого флигеля (сегодня это расположение второго факультета института), освятили её 10 ноября, как и прежнюю во имя Святого Архангела Михаила. Образа в одноярусном ампирном иконостасе были кисти Виги А. К., Яненко Я. Ф. и Сухих А. А., полковую икону написал академик В. К. Шебуев.
Из сохранившегося описания внутреннего убранства церкви известно, что помимо церковной утвари в ней находились:
- прежние знамёна полка;
- дв е Высоч айшие грамоты импера торов Александра I и Николая I: одна от 25 декабря 1811 г. вновь сформированному полку в честь получения знамени, вторая от 19 марта 1826 г. в честь вручения военного ордена на знамя;
- витрина с мундирами императоров Александра I, Николая Iи Александра II;
- ковчег из черного дерева с остатками знамени, сгоревшего 15 января 1878 г. в Адрианополе во время турецкой войны:
1) часть орла, венка, скобы и подтока;
2) часть эмали от оборотной стороны Георгиевского креста и 5 знаменных гвоздей;
3) часть серебра от кистей и часть истлевшего полотна знамени.

Церковь лишена декретом от 23 января 1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» прав юридического лица, её имущество подлежало национализации. В марте 1918 г. церковь была сделана приходской, а 10 ноября 1923 г. её закрыли и приспособили под клуб. В 1924 г. здание церкви перестроили под столовую. В 1930-е гг. храм был снесён, а на его месте построено новое здание, на сегодняшний день здание БЦ «Бекар».
17 мая 2021 года в Военном институте физической культуры состоялся торжественный молебен, посвященный освящению поклонного креста по возрождению храма-часовни во имя Архангела Михаила в честь доблестных воинов, жизнь свою за веру и отечество положивших.
В молебне приняли участие почётные гости, олимпийские чемпионы - выпускники Военного института физической культуры разных лет: Алябьев А. Н., Алифиренко С. Г., Булыгин С. И., Гусаров А. В., Мамедов И. Я., Сухорученков С. Н., Фокичев С. Р., Чернышев Е. В., Фетисов В. А., Касатонов А. В. Особо значимым гостем являлся статс-секретарь – заместитель Министра обороны Российской Федерации Николай Александрович Панков.

В течение года руками офицеров, сотрудников и курсантов института при поддержке Совета ветеранов, выпускников прошлых лет велось восстановление храма. Большая работа была проделана помощником начальника института по работе с верующими военнослужащими и будущим настоятелем храма отцом Алексеем.
21 мая 2022 года в присутствии всего личного состава института и приглашенных гостей, в том числе олимпийских чемпионов разных лет, начальник института генерал-майор О.С. Боцман и отец Алексей провели торжественное открытие и освящение восстановленного храма-часовни. В этот день было преподнесено в дар множество предметов церковной утвари.
Начальник Управления физической подготовки и спорта Вооруженных Сил Российской Федерации полковник Зыков А.В. передал от статс-секретаря – заместителя Министра обороны Российской Федерации Панкова Н. А. в дар восстановленному храму икону святого страстотерпца Николая II.
Это стало символично, ведь именно Николай II поддержал и на государственном уровне узаконил в 1909 году создание Главной гимнастическо-фехтовальной школы, уникального образовательного учреждения, в котором готовились специалисты физической подготовки для войск и правопреемником которого, поддерживая славные традиции, стал Военный институт физической культуры.
Возрожденный храм-часовня во имя Архангела Михаила с та л символом не толь ко в еры, но и доблести воинов, защищавших наше Отечество , от Бородинского сражения до сегодняшних дней, связывая и объединяя в единое целое подвиги и традиции боевого духа победителей лейб-гвардии Литовского полка, лейб-гвардии Московского полка и Военного института физической культуры.